《壳中少女剧场版》讲述这是描写少女与敌人与武器的故事。故事发生在科学技术高度发展的未来，由于先前爆发的战争而导致科技崩坏的世界。在有着通往天国之街之称的Mardock Scramble街上，住着故事的主人公赌场老板兼赌博师榭尔的情人巴洛特。过于残酷的生活经历让巴洛特心扉紧闭，后来在榭尔设下的陷阱中险些丧命，千钧一发之际幸得犯罪搜查官博士和乌夫库克营救，并借助马杜克紧急法令-09（Mardock Scramble-09）保存了性命。芭洛特因为马杜克紧急法令-09（Mardock Scramble-09）得到了高度电子干涉能力。之后，芭洛特和博士，乌夫库克一起开始追查榭尔的犯罪事件，而另一方面，榭尔也雇佣了搜查官鲍伊德企图将芭洛特逼入绝境。