《神奇宝贝剧场版 2000:结晶塔的帝王》讲述一个宠物精灵研究家史本瑟海利教授，正在专注于一个名叫安奥的宠物精灵的研究。拥有强大力量而又难以捉摸的安奥，由26个象字母一样的神秘图案所组成，它们的神奇力量在于能够把人的想法和梦境变成现实，但这种现实一个与我们完全隔绝的世界。这种神奇力量突然把教授带到了另一个世界，就如同两年前研究安奥时他妻子消失一样。而他们的女儿莫莉，就这样失去了爸爸妈妈，一个人守着空荡荡的房子，孤孤单单。安奥感知了她的孤独，要把她的愿望变成现实，希望能将妈妈从解救出来，并使她们重新回到现实世界中来。